メタゲノムシーケンス解析
次世代シーケンスにより、ヒトや土壌、海水由来のDNAサンプルからゲノムを網羅的に解析し、様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。研究目的に合わせて、新規の微生物も対象とする「全メタゲノム解析」と、16S rRNA遺伝子領域にフォーカスする「16S rRNAシーケンス」を選択いただけます。
（本項目は、Theragen Etex（弊社関係会社、韓国）にて実施いたします。）
特長
- 次世代シーケンスにより、サンプル中に存在する膨大な微生物のすべて、もしくは16S rDNAにフォーカスして解析
- 新規微生物ゲノムの構築（de novoアセンブリ）が可能
- 系統分類のほか、機能解析や遺伝子予測も実施
- α多様性解析（同一環境における種多様性）解析およびβ多様性解析（環境間の種多様性の違い）の両方を実施
（16S rRNAシーケンスのみ）
解析内容
糞便等のヒト生体試料や環境試料（土壌、海水）より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、ゲノム全体をカバーする試薬（TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit（Illumina））によりライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードを新規の参照ゲノム配列として再構築し、微生物の系統分類（NCBIデータベース参照）、遺伝子組成の予測や機能解析を行います。各工程において、サンプルの品質評価（QC）を行います。
| 対象 | サンプル | 使用試薬 | シーケンサー | データ量 | データ解析 |
|---|---|---|---|---|---|
| ヒト生体試料、土壌、海水、 川水、湖水、池水等 |
DNA | TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit |
NovaSeq 6000 （300PE） |
4 Gb | 通常データ解析 |
データ解析
データQCにより低品質のリードを除去後、ゲノム配列を再構築（de novoアセンブリ）し、微生物種の推定・分類、および機能解析・遺伝子予測等のデータ解析を行います。
解析データ例：遺伝子予測結果
解析データ例：系統分類結果
糞便等のヒト生体試料より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、微生物16S rRNA遺伝子のV3、V4領域を増幅してライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーを用いてシーケンスを行います。取得したリードをデータベースへのマッピングすることにより、系統分類を行い、サンプル中に存在する微生物の組成および機能を明らかにします。
| 対象生物種 | サンプル | 使用試薬 | シーケンサー | データ量 | データ解析 |
|---|---|---|---|---|---|
| ヒト | DNA | 16S amplicon PCR primers |
MiSeq (600 PE） |
100,000リード/サンプル | 通常データ解析 |
データ解析
データQCにより低品質なリードを除去後、OTU（operational taxonomic unit）解析やα多様性解析（シャノン指数）により微生物の組成を解析します。また、データベースをもとに生物種を推定し、β多様性解析や系統分類（RDP・NCBIデータベース参照）を行います。
解析データ例：QIIMEによるOTU解析
解析データ例：α多様性解析（シャノン指数）
解析データ例：微生物の分類群毎の存在度ヒートマップ
解析データ例：Krona Plot
全メタゲノム解析と16S rRNAシーケンスの比較
| 全メタゲノム解析 | 16S rRNAシーケンス | |
|---|---|---|
| 解析対象 | 新規の生物種も含むすべて | 既知種のみ |
| コスト | やや高コスト | 低コスト |
| 生物種の推定・系統分類 | 〇 | 〇 |
| 機能解析 | 〇 | Χ |
ご提供いただくサンプル
以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。Theragen Etexにてサンプルの品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。
詳細を見る
| 解析項目 | 材料 | 必要量 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 全メタゲノム解析 | DNA | 0.5 μg以上 | 1.5～2 mLチューブ | -20℃ | 推奨純度： OD（260/280）1.6～2.0 |
| 16S rRNAシーケンス | 0.1 μg以上 |
価格・納期
ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
納品物
以下のデータを納品いたします。
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| 全メタゲノム解析 |
解析報告書 シーケンスデータ（Fastq） 微生物ゲノム配列 遺伝子予測・機能解析結果 系統分類結果（NCBIデータベース参照） |
|---|---|
| 16S rRNA シーケンス |
解析報告書 シーケンスデータ（Fastq） 系統分類結果（α多様性およびβ多様性（RDP・NCBIデータベース参照）） |
納品方法：ファイル転送（FTP）
ご依頼方法
詳細は「受託解析サービス ご利用案内」をご参照ください。
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ご依頼
「解析依頼書」および別紙「サンプルリスト」に必要事項をご記入いただき、担当販売代理店までご提出ください。
「解析依頼書」はこちらからダウンロードいただけます。
※ご依頼の際は、「解析依頼書」に添付の「解析サービスのご利用にあたり」を必ずご確認ください。
サンプルのご送付
解析に必要なサンプルを、下記の送付先までご送付ください。送付日につきましては事前にご相談ください。
- サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
- 各サンプルチューブに、「サンプルリスト（解析依頼書別紙）」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
- サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
| サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
|---|---|
| 冷凍（-20℃） | ドライアイス梱包・冷凍便 |
送付先留意事項
- 本項目は、Theragen Etex（韓国）にて実施いたします。
- 倫理審査を要する研究に本サービスの結果をご利用される場合は、ご所属機関における倫理審査委員会の承認を得たうえでご依頼ください。詳細は、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をご確認ください。
- サンプルにウイルス等による感染を疑うべき事情がある場合は、必ず弊社にご相談ください。安全の確認がとれない場合には、サービスの提供ができない場合がありますので、予めご了承ください。
- 個人情報に関しては、個人が特定できないよう匿名化したうえでご提供ください。
- お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後30日間保管し、当該期間の経過後に廃棄いたします。返却をご希望の場合は、事前にご相談ください。